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双一流建设网站,杏坛网站设计,wordpress头像自定义,如何在网站开发客户标题#xff1a;使用MLPA-NGS技术鉴定 Von Hippel-Lindau 综合征家系中的VHL胚系缺失作者: Yang Y, Ren X, Xia C, Zhang Y, Song X, Tang X, Du C, Xu W, Weng W. 上海交通大学医学院 上海儿童医院临床检验科#xff1b;上海交通大学药学院 儿科感染、免疫与危重症医学研究所…标题使用MLPA-NGS技术鉴定 Von Hippel-Lindau 综合征家系中的VHL胚系缺失作者: Yang Y, Ren X, Xia C, Zhang Y, Song X, Tang X, Du C, Xu W, Weng W. 上海交通大学医学院 上海儿童医院临床检验科上海交通大学药学院 儿科感染、免疫与危重症医学研究所青岛大学附属青岛第三人民医院 儿科上海交通大学 生命科学与生物技术学院江阴建辉生物技术有限公司上海交通大学药学院 上海儿童医院内分泌科发表日期2025-11-07期刊BMC Med Genomics. 影响因子 2.9遗传学 4区开放获取DOI: 10.1186/s12920-025-02252-y研究背景Von Hippel-Lindau综合征VHL是一种常染色体显性遗传病患者易在多器官如视网膜、中枢神经系统、肾脏、肾上腺发生肿瘤或囊肿。该病由VHL 基因的突变引起突变类型多样包括错义、移码、无义、缺失/插入等。相关检测技术的局限性① 全外显子测序WES在检测小片段拷贝数变异CNV100 kb时准确性有限。② 基因芯片对大片段CNV1 Mb检测有效但对小缺失不敏感。③ 传统MLPA (Multiplex ligation-dependent probe amplification, 多重连接依赖性探针扩增)是检测CNV的“金标准”但通量低、依赖毛细管电泳操作复杂。因此本研究尝试使用MLPA-NGS多重连接依赖性探针扩增 结合 二代测序技术提高对小片段缺失的检测精度和通量。研究内容本研究在一个VHL家系中先通过WES和基因芯片未能明确检测出VHL基因的缺失随后采用MLPA-NGS Sanger测序成功鉴定出一个6,662 bp 的缺失片段并精确定位其断点位于Alu重复序列内。主要发现缺失区域VHL基因外显子2~外显子3缺失大小6,662 bp断点位置chr3:10145434 和 chr3:10152097GRCh38/hg38断点位于AluY和AluSx重复序列内该缺失在ClinVar数据库中为新发现属于新发变异研究方法样本与家系。先证者29岁女性14岁确诊视网膜血管瘤其母亲亦患VHL其儿子无症状但疑似携带变异。采集先证者、其丈夫及儿子的外周血进行DNA提取。MLPA-NGS技术流程。探针设计针对 VHL 基因设计3批探针逐步增加密度以逼近断点。连接与扩增使用MLPA试剂盒进行探针杂交、连接、PCR扩增。建库与测序使用Illumina平台进行测序读长为40 bp。数据分析使用Python脚本统计各探针对应读段数。通过内参基因PKHD1, EYA1等进行标准化。计算相对拷贝数判断是否存在缺失。Sanger测序验证。根据MLPA-NGS结果设计引物PCR扩增断点区域通过Sanger测序精确定位断点位置。生物信息学分析。使用 UCSC Genome Browser 查看重复序列分布在 ClinVar 数据库中查询是否为已知变异。图表解读图1MLPA-NGS技术流程。探针设计、杂交连接、PCR扩增、NGS测序结合了MLPA的特异性和NGS的高通量优势。图2家系图。显示先证者III2及其儿子IV1均携带相同VHL缺失。母亲II3也患病符合常染色体显性遗传模式。图3基因芯片结果。在VHL基因附近未检测到CNV说明该缺失片段太小超出芯片检测范围。图4MLPA-NGS分析结果。通过三批探针灰、绿、红逐步逼近断点显示外显子2和3存在杂合缺失。图5探针位置与拷贝数示意图展示3批探针在VHL基因上的分布及对应的拷贝数变化直观呈现缺失区域。图6Sanger验证。A凝胶电泳显示先证者及其儿子出现 500 bp 条带丈夫无。BSanger测序图谱显示断点连接处。图7缺失区域与Alu重复序列的关系。显示缺失片段两端位于 AluY 和 AluSx 重复序列内提示 Alu 介导的同源重组可能是缺失机制。研究意义首次将MLPA-NGS技术用于VHL基因缺失的精确定位提出“逐步逼近断点”的探针设计策略提高检测分辨率。为该家系提供明确的分子诊断可用于遗传咨询和产前诊断。断点定位为未来基因靶向治疗提供可能。此外再次证实了Alu重复序列在VHL基因缺失中的重要作用为VHL综合征的基因诊断提供了一种高精度、高通量的新方法。总之本研究成功利用MLPA-NGS Sanger测序在一个VHL家系中鉴定出一个6,662 bp 的VHL基因缺失并精确定位其断点。该方法克服了WES、基因芯片在小CNV检测上的局限性展示了其在遗传病分子诊断中的潜力。研究结果为该家系提供了明确的遗传学诊断依据也为VHL综合征的机制研究提供了新的数据支持。易生信最新课程信息www.bic.ac.cn/Training全网正版遗传病、罕见病、肿瘤基因组与外显子组数据分析实战-12月26号