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外国人做的古文字网站,wordpress 压缩图片,手机自己制作表白网站app,找装修工人的平台或app随着高通量组学数据的爆炸式增长#xff0c;目前针对同一物种的各类组学数据#xff08;如基因组、表观组、转录组、蛋白质组、代谢组等#xff09;散布于众多平台和文献之中。由于缺少统一的存储标准和整合机制#xff0c;科研人员难以从海量已发表数据中高效提取有用信息…随着高通量组学数据的爆炸式增长目前针对同一物种的各类组学数据如基因组、表观组、转录组、蛋白质组、代谢组等散布于众多平台和文献之中。由于缺少统一的存储标准和整合机制科研人员难以从海量已发表数据中高效提取有用信息。为此构建一个全面的多组学数据集中存储与分析数据库显得尤为重要。该数据库通过标准化整合海量数据资源并配备便捷的访问接口和分析工具为研究者提供一站式的数据获取与深度挖掘平台从而显著加速科研从数据到新发现的进程。案例1 胃部多组学系统整合数据库1. 基因组模块收录42套胃组织及胃癌相关基因组数据每个基因组均提供高质量注释包括结构变异SV、拷贝数变异CNV、基因结构等支持下载FASTA / GFF3格式。2. 转录组模块整合超过980份胃组织转录组数据提供基因表达矩阵、差异表达分析结果、加权基因共表达网络WGCNA及可视化工具。3. 蛋白质组模块收集了312份胃组织蛋白质组数据涵盖TMT / iTRAQ定量蛋白组磷酸化、乙酰化等蛋白修饰组提供蛋白丰度图、蛋白互作网络及疾病相关标志物筛选功能。4. 代谢组模块包含158份胃组织及血清代谢组数据支持特征代谢物查询与KEGG通路映射。5. 在线工具模块提供多种可视化及分析工具包括多组学关联分析生存分析Kaplan–Meier、Cox回归单基因/多基因表达可视化差异表达、GO/KEGG富集分析蛋白互作网络构建代谢通路富集工具微生物组差异分析及火山图绘制工具均无需编程即可操作适合科研用户快速探索数据。案例2 鲤鱼物种多组学数据库1. 基因组模块收录了1320份鲤鱼全基因组数据820份红鲤、锦鲤、镜鲤、草鲤的现代养殖品系400份野生群体提供高质量参考基因组、结构变异注释及群体比较数据。2. 变异组模块收录大规模鲤鱼遗传变异数据包括2180万个SNPs与1120万个InDels各品系专属变异标记支持按基因、性状、驯化分群或染色体区域查询。3. 转录组模块整合了2430套鲤鱼转录组数据来源于鳃、肝、脑、肌肉、肠道、生殖腺等不同组织胚胎、稚鱼、幼鱼、成鱼不同发育阶段提供标准化表达矩阵、差异表达结果和共表达网络。4. 单细胞模块收录了86500个单细胞的转录组数据提供UMAP/t-SNE可视化、细胞簇marker基因搜索及细胞通讯分析。5. 表型组模块整合1520种鲤鱼表型数据包含速度性状肉质性状抗病性状。6. 在线工具平台群体遗传结构分析GWAS可视化特定品系间基因组比较生存分析细胞通讯网络分析所有工具均具有可视化输出免代码操作。案例3 单细胞m6A多组学数据库1. 基因组模块收录312套参考基因组与m6A修饰检测对应的基因注释数据包括human、mouse、zebrafish、Arabidopsis等26种常用模式生物提供m6A修饰相关基因的物种进化信息。2. 变异组模块收录1820万个与RNA修饰相关联的SNPs和InDels支持按基因、疾病、motif、细胞类型检索m6A相关变异。3. 转录组模块整合了4120套bulk RNA-seq数据可查询m6A上调导致表达升高/降低的基因集。4. 单细胞模块收录了超过310000个细胞的单细胞m6A修饰图谱。5. 表观组模块整合30套m6A-seq / MeRIP-seq数据集支持关联查询m6A修饰 → RBP结合 → 转录调控 → 染色质开放度 → 表达量。6. 在线工具平台单细胞m6A热图与差异修饰分析m6A motif预测与可视化修饰–RBP相互作用网络构建全部免代码操作结果可导出高质量图表。通用的多组学数据库搭建框架六大主要模块Home、Data、JBrowse、Tools、Download、About数据来源基因组、变异组、转录组、表观组、蛋白组、代谢组等实验数据和公共数据。数据检索物种、样本数据类型、基因名、疾病信息、序列、功能注释、数据结果等搜索查询。数据下载提供FASTA、BED、CSV等多种格式数据下载。分析工具JBrowse和BLAST通讯网络分析GO和KEGG功能富集等。可视化基因组浏览器可展示基因结构、变异位点、基因序列等。技术架构数据库管理系统MySQL。前端HTML/CSS/JavaScript和后端Apache2PHP-FPMVue.jsD3.js可视化如热图、网络图。翰佰尔生物已成功搭建多种定制化数据库包含动植物多组学数据库、生态环境数据库、医学方向数据库、一键式数据分析平台内容涵盖多类型生命组学数据及人工智能算法应用。