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怎么建网站卖产品,用安卓手机做网站主机,wordpress 访问数据库,企业门户网站建设行情点击蓝字 关注我们ggVennDiagram#xff1a;直观韦恩图工具的新版本iMeta主页#xff1a;http://www.imeta.science方法论文● 期刊#xff1a;(IF 33.2, 中科院双一区Top)● 文章被引#xff08;Dimensions截至2025年12月12日#xff09;:86● 原文链接#xff1a;https…点击蓝字 关注我们ggVennDiagram直观韦恩图工具的新版本iMeta主页http://www.imeta.science方法论文● 期刊(IF 33.2, 中科院双一区Top)● 文章被引Dimensions截至2025年12月12日:86● 原文链接https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.177● DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.177● 2024年2月14日华中农业大学高春辉等在iMeta在线发表了题为 “ggVennDiagram: intuitive Venn diagram software extended” 的文章。● 本文发布了ggVennDiagram新版本该版本可绘制包含多达7个集合的子集区域填充Venn图原生支持具有无限数目集合的Upset图提供了R包、Shiny应用程序和TBtools插件等3种不同的应用方式。● 第一作者高春辉● 通讯作者蔡鹏cpmail.hzau.edu.cn● 合作作者陈程杰Turgut AkyolAdrian Dusa余光创曹彬● 主要单位华中农业大学新加坡南洋理工大学华南农业大学丹麦Aarhus University罗马尼亚University of Bucharest南方医科大学亮 点● 可绘制包含多达7个集合的子集区域填充Venn图● 原生支持了具有无限数目集合的Upset图● 提供了一个可用于多个集合的Venn计算器● 提供了R包、Shiny应用程序和TBtools插件等3种不同的应用方式。全文解读正 文韦恩图是可视化多个集合之间关系的常用方法。作为最受欢迎的数据可视化平台之一R语言环境中有VennDiagram、venn和RVenn等多个软件包用于绘制维恩图。在借鉴这些现有工具的基础上我们在2019年开发了ggVennDiagram。ggVennDiagram支持图形语法、精确的子集区域填充以及其它一些易于使用的功能逐渐成为韦恩图可视化领域中最受欢迎的工具之一。在过去的两年里ggVennDiagram经历了持续的优化并获得了100多次文献引用。在这项研究中我们发布了一个里程碑版本包括以下新功能更容易安装。在该版本之前ggVennDiagram有一个庞大的包依赖树其中包含90多个包。其中sf包是依赖最重的包。它不仅占用的磁盘空间最大而且还有几个系统依赖这些依赖大多数用户都没有安装所以会导致安装失败。然而sf对于ggVennDiagram中的复杂形状的生成又是必须的因此直接删除它是不可行的。考虑到这一点我们将形状生成函数整合到了一个新包中即shapeMageR从而去掉了这个严重的依赖。此外还删除了其它几个依赖项包括RVenn、purrr、magrittr和plotly见表S1。现在ggVennDiagram及其依赖项的总文件大小已经从210 MB1.1.0版本减少到了约36 MB见文件S1。这使得ggVennDiagram的安装比以前更容易。图1. ggVennDiagram的功能包含五个集合输入的维恩图A和Upset图B。A子集成员数量可以通过浅红色和深红色填充来区分。B顶部图显示了交集的大小左侧图显示了五个集合的大小主图显示了这些交集来自哪里。交集和集合按字母顺序排序。CVenn计算器的示例。用户可以通过对象的方法轻松访问Venn对象及其子集。参见后面的代码示例。ggVennDiagram Shiny应用程序的屏幕截图D和TBtools中的ggVennDiagram插件E。原生支持Upset图。Venn图和Upset图都是用于集合数据可视化的方法。在R平台上Upset图的绘制现在由UpsetR包支持。然而考虑到二者的应用场景十分一致我们认为将Upset方法与Venn图结合起来向用户提供统一的方法会更好。因此我们在ggVennDiagram中支持Upset图的绘制。Upset图的实现方法依赖于南方医科大学余光创教授开发的aplot包该包主要功能是让多个子图之间的坐标轴自动对齐。因此我们只需要首先创建Upset图的子图然后将三个组件合并在一起就可以了。图1显示了ggVennDiagram生成的Venn图和Upset图。需要说明的是这里展示的包含了五个以及六个和七个集合的Venn图形状集合图形的形状是从Adrian Dușa编写的“venn”软件包中导入的。功能完备的Venn计算器。ggVennDiagram软件包中使用S4和S3类存储结构化的中间数据例如集合以及子集包含的成员和它们的名称等。这些类对用户通常是不可见的。不过在论文审稿过程中审稿人提出了一个Venn计算器的说法即这些功能可被用来帮助用户计算集合以及子集之间复杂的关系。为此我们进一步完善了该部分的方法实现了对两个以上集合无上限复杂逻辑关系下的计算任务。如图1C所示现在可以使用这些方法获取多个集合的交集、并集和特异性成员的清单为下一步进一步深入分析成员的结构提供了一个途径。官方Shiny应用程序和TBtools插件。Shiny是一个Web应用程序框架允许开发人员创建基于Web的交互式数据可视化工具。新版ggVennDiagram中包括了一个 Shiny应用程序并已经被部署到shinyapps.io这是由Posit/RStudio提供的基于云的服务。Shiny应用程序提供了ggVennDiagram软件包大多数的功能并且同时支持导出多种不同的图片格式。其中导出的矢量格式图svg、pdf和pptx可以在Adobe Illustrator、Microsoft PowerPoint等常用办公软件中进一步编辑和调整图1D。另外TBtools是一个综合性的、有完备用户界面的生物信息学软件可以用于完成多种的生物信息学任务由华南农业大学陈程杰博士开发。在TBtools-II提供的插件商店中现在已经提供了ggVennDiagram 的Shiny应用程序图1E。总的来说通过Shiny APP和TBtools插件我们提供了交互式用户界面使得不懂编程的用户仍然可以借助于ggVennDiagram生成高质量的图形。功能示例为了展示用法我们首先生成一个包括四个集合的示例数据集。library(ggVennDiagram)genes -paste(gene,1:1000,sep)set.seed(20231214)x -list(ASsample(genes,300),Bsample(genes,525),Csample(genes,440),Dsample(genes,350))ggVennDiagram 的特有功能是将子集的成员用不同的颜色填充来可视化使我们可以一眼看出哪些子集包含的成员更多。此外ggVennDiagram 返回的是一个 ggplot 对象可以使用 ggplot 函数进一步修改。下面的代码改变了填充所使用的颜色。library(ggplot2)ggVennDiagram(x)scale_fill_gradient(lowgrey90,high red)ggVennDiagram包最主要的函数就是ggVennDiagram()使用该函数提供的一些参数可以调整图形的外观和标签等。例如下面的一行代码可以改变集合边以及集合名称的颜色。ggVennDiagram(x, set_color c(blue,red,green,purple))ggVennDiagram支持2到7维的维恩图绘制。生成的图通常是发表级的。ggVennDiagram() 函数会检查第一个参数中有多少项并自动调用相应的函数。因为5个以上集合的形状不能使用简单的椭圆或者圆来表示所以这里的形状是从 venn 包里面导入并加工后使用的https://CRAN.R-project.org/packagevenn。x -list(Asample(genes,300),Bsample(genes,525),Csample(genes,440),Dsample(genes,350),Esample(genes,200),Fsample(genes,150),Gsample(genes,100))# two dimension Venn plotggVennDiagram(x[1:2],label none)# three dimension Venn plotggVennDiagram(x[1:3],label none)# four dimension Venn plotggVennDiagram(x[1:4],label none)# five dimension Venn plotggVennDiagram(x[1:5],label none)# six dimension Venn plotggVennDiagram(x[1:6],label none)# seven dimension Venn plotggVennDiagram(x,label none)新版本的 ggVennDiagram 原生支持了 Upset 图。当集合数目大于 7 或者设置 force_upset TRUE 时会绘制 Upset 图。# add an extra member in listx$H sample(genes,500)ggVennDiagram(x)# Warning in ggVennDiagram(x): Only support 2-7 dimension Venn diagram. Will give a plain upset plot instead.# Warning: Removed 1 rows containing missing values (position_stack()).ggVennDiagram(x[1:4], force_upset TRUE, order.set.by name, order.intersect.by none)下面介绍 Venn 计算器的功能。首先生成一个list包括4个集合。将这个list转化成 Venn 对象后可以使用 overlap()、discern()、union() 以及 discern_overlap() 等函数计算任意集合的不同组合形式下的子集所包含的成员为后续的数据挖掘提供支持。set.seed(20231225)y list(A sample(letters, 8)|sort(),B sample(letters, 8)|sort(),C sample(letters, 8)|sort(),D sample(letters, 8)|sort())# view the listy# $A# [1] a e g o p s t v## $B# [1] a d f i k s y z## $C# [1] b g k o r s u w## $D# [1] b c e h k q s yvenn_y Venn(y)venn_y# An object of class Venn:# Slots: sets, names;# No. Sets: 4 SetNames: A, B, C, D.# find the overlaping members of two or more setsoverlap(venn_y, 1:2)# members in both the first two sets# [1] a soverlap(venn_y)# members in all the sets# [1] s# find the different members between sets and set unionsdiscern(venn_y, 1)# members in set 1, but not in the resting sets# [1] p t vdiscern(venn_y, c(A,B), 3)# members in set A B, but not in the 3rd set# [1] a e p t v d f i y z# find the specific members in one or more setsdiscern_overlap(venn_y, 1)# specific items in set 1# [1] p t vdiscern_overlap(venn_y, 1:2)# specific items in set 1 and set 2# [1] a代码和数据可用性ggVennDiagram是开源软件可在CRANhttps://cran.r-project.org/packageggVennDiagram和GitHubhttps://github.com/gaospecial/ggVennDiagram上免费获取。ggVennDiagram Shiny应用程序可在Shinyapps.io上访问https://bio-spring.shinyapps.io/ggVennDiagram。TBtools插件可以通过软件的插件商店访问。补充资料图表、表格、脚本、图形摘要、幻灯片、视频、中文翻译版本和更新资料可在iMeta网站在线获取。引文格式Gao, C.-H., Chen, C., Akyol, T., Dușa, A., Yu, G., Cao, B., and Cai, P. (2024). ggVennDiagram: intuitive Venn diagram software extended.iMeta3, 69. doi: 10.1002/imt2.177作者简介高春辉第一作者● 微生物学博士业余软件工程师现为华中农业大学资源与环境学院副研究员硕士生导师。● 研究方向为合成微生物群落的功能和调控机制。蔡鹏通讯作者● 华中农业大学资源与环境学院教授博士生导师国家杰出青年基金和优秀青年基金获得者。● 研究方向为土壤生物膜与环境健康。更多推荐▼ 点击跳转高引文章 ▸▸▸▸iMeta | 德国国家肿瘤中心顾祖光发表复杂热图(ComplexHeatmap)可视化方法▸▸▸▸iMeta | 浙大倪艳组MetOrigin实现代谢物溯源和肠道微生物组与代谢组整合分析▸▸▸▸iMeta | 高颜值绘图网站imageGP视频教程合集1卷1期1卷2期1卷3期1卷4期2卷1期期刊简介“iMeta” 是由威立、肠菌分会和本领域数百位华人科学家合作出版的开放获取期刊主编由中科院微生物所刘双江研究员和荷兰格罗宁根大学傅静远教授担任。目的是发表原创研究、方法和综述以促进宏基因组学、微生物组和生物信息学发展。目标是发表前10%(IF 15)的高影响力论文。期刊特色包括视频投稿、可重复分析、图片打磨、青年编委、前3年免出版费、50万用户的社交媒体宣传等。2022年2月正式创刊发行联系我们iMeta主页http://www.imeta.science出版社https://onlinelibrary.wiley.com/journal/2770596x投稿https://mc.manuscriptcentral.com/imeta邮箱officeimeta.science